Im schulischen Bereich sichern 3 Volksschulen, 3 Hauptschulen (darunter eine Sporthauptschule und eine Hauptschule mit musischem Schwerpunkt), ein Sonderpädagogisches Zentrum und die Polytechnische Schule die Grundausbildung.

Neben dem Gymnasium, der Höheren und Mittleren Lehranstalt für wirtschaftliche Berufe und der Handelsakademie und Handelsschule der Stadtgemeinde bestehen mit der Bundesfachschule für Flugtechnik, der Landesfeuerwehrschule, der Landwirtschaftlichen Fachschule und der Musikschule der Stadtgemeinde noch 4 Spezialschulen.

Im universitären Bereich beheimatet die Donaustadt den fächerübergreifenden FH-Diplomstudiengang "Biotechnische Verfahren", der eng mit dem benachbarten Interuniversitären Department für Agrarbiotechnologie (IFA) - eines der modernsten Forschungsinstitute in Europa - zusammenarbeitet.